Project: BioMAV
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package nl.ru.ai.projects.parrot.ea2.server; 
 
import org.jgap.Configuration; 
import org.jgap.FitnessEvaluator; 
import org.jgap.FitnessFunction; 
import org.jgap.Gene; 
import org.jgap.Genotype; 
import org.jgap.IChromosome; 
import org.jgap.InvalidConfigurationException; 
import org.jgap.event.EventManager; 
import org.jgap.impl.CrossoverOperator; 
import org.jgap.impl.MutationOperator; 
import org.jgap.impl.StockRandomGenerator; 
import org.jgap.impl.WeightedRouletteSelector; 
 
 
 
public class GeneticAlgorithm implements Runnable { 
 private final int POPULATIONSIZE = 1; 
  
  private Configuration config = new Configuration(); 
  private Genotype genotype; 
   
  public GeneticAlgorithm(FitnessFunction asynchronousFitnessFunction, GenomeFactory genFactory) throws InvalidConfigurationException { 
    config.setBreeder(new ParallelBreeder()); 
     
    config.setEventManager(new EventManager()); 
     
    config.setFitnessFunction(asynchronousFitnessFunction); 
     
    config.setFitnessEvaluator(new FitnessEvaluator() { 
      private static final long serialVersionUID = -5453431788537409818L; 
 
      @Override 
      public boolean isFitter(IChromosome c1, IChromosome c2) { 
        return isFitter(c1.getFitnessValue(), c2.getFitnessValue()); 
      } 
       
      @Override 
      public boolean isFitter(double v1, double v2) { 
        return v1 > v2; 
      } 
    }); 
     
    { 
      MutationOperator mOp = new MutationOperator(config, 20); 
      config.addGeneticOperator(mOp); 
    } 
    { 
      CrossoverOperator cOp = new CrossoverOperator(config, 40); 
      config.addGeneticOperator(cOp); 
    } 
     
    config.setRandomGenerator(new StockRandomGenerator()); 
     
    config.addNaturalSelector(new WeightedRouletteSelector(config), true); 
 
    config.setPreservFittestIndividual(true); 
     
    config.setPopulationSize(POPULATIONSIZE); 
     
    config.setSampleChromosome(genFactory.createGenome(config)); 
     
    genotype = Genotype.randomInitialGenotype(config); 
  } 
 
  @Override 
  public void run() { 
    int generationCounter = 0; 
    while (!Thread.interrupted()) { 
      genotype.evolve(); 
      generationCounter++; 
      System.out.println("---------------------------------"); 
      System.out.println("Evolution step " + generationCounter + "  Best individual: " + genotype.getFittestChromosome().getFitnessValue()); 
       
      int i = 1; 
      for (IChromosome c : genotype.getPopulation().getChromosomes()) {  
        System.out.println("Individual " + (i++) + " - Fitness: " + c.getFitnessValue()); 
        Gene[] genes = c.getGenes(); 
         
        TaskParameters parameters = new TaskParameters(); 
        for (int j = 0; j < genes.length; j++) { 
          parameters.getMap().put("" + j, "" + genes[j].getAllele()); 
        } 
        System.out.println(parameters); 
      } 
    } 
  } 
}