package net.bioclipse.spectrum.wizards; 

 

import java.io.StringReader; 

import java.util.HashMap; 

import java.util.Iterator; 

 

import nu.xom.Builder; 

import nu.xom.Element; 

import nu.xom.Elements; 

 

import org.eclipse.jface.viewers.CellEditor; 

import org.eclipse.jface.viewers.IStructuredSelection; 

import org.eclipse.jface.viewers.TableViewer; 

import org.eclipse.jface.viewers.TextCellEditor; 

import org.eclipse.jface.wizard.WizardPage; 

import org.eclipse.swt.SWT; 

import org.eclipse.swt.events.SelectionAdapter; 

import org.eclipse.swt.events.SelectionEvent; 

import org.eclipse.swt.layout.GridData; 

import org.eclipse.swt.layout.GridLayout; 

import org.eclipse.swt.layout.RowData; 

import org.eclipse.swt.layout.RowLayout; 

import org.eclipse.swt.widgets.Button; 

import org.eclipse.swt.widgets.Combo; 

import org.eclipse.swt.widgets.Composite; 

import org.eclipse.swt.widgets.Dialog; 

import org.eclipse.swt.widgets.Display; 

import org.eclipse.swt.widgets.Event; 

import org.eclipse.swt.widgets.Label; 

import org.eclipse.swt.widgets.Listener; 

import org.eclipse.swt.widgets.MessageBox; 

import org.eclipse.swt.widgets.Shell; 

import org.eclipse.swt.widgets.Table; 

import org.eclipse.swt.widgets.TableColumn; 

import org.eclipse.swt.widgets.Text; 

import org.xmlcml.cml.base.CMLElements; 

import org.xmlcml.cml.element.CMLPeak; 

import org.xmlcml.cml.element.CMLPeakList; 

 

import au.com.bytecode.opencsv.CSVReader; 

 

public class NewSpectrumDetailWizardPage extends WizardPage { 

 

 private Combo spectrumTypeCombo; 

 

 private TableViewer tableViewer; 

 

 public static final String MASS = "Mass Spectrum"; 

 

 public static final String NMR = "NMR Spectrum"; 

 

 public static final String IR = "IR Spectrum"; 

 

 public static final String UV = "UV Spectrum"; 

  

 HashMap<String, Element> spectypemap = new HashMap<String, Element>(); 

  

 static Table table =null;  

  

 private boolean peakdone=false; 

 

  protected String separator; 

 

 protected NewSpectrumDetailWizardPage() { 

  super("SpectrumDetailWizardPage"); 

  setTitle("New Spectrum Detail Wizard"); 

  setDescription("This wizard lets you select the Spectrum type and gives you the possibiliy to add peaks"); 

 } 

 

 public void createControl(Composite parent) { 

  try{ 

   Builder builder = new nu.xom.Builder(); 

   nu.xom.Document doc = builder.build(this 

       .getClass() 

       .getClassLoader() 

       .getResourceAsStream( 

         "net/bioclipse/spectrum/editor/spec.xml")); 

   Element docRoot = doc.getRootElement(); 

   Elements specTypeElements = docRoot.getChildElements("spectrumtype"); 

   for (int i=0; i<specTypeElements.size(); i++) { 

    Element specTypeElement = specTypeElements.get(i); 

    String name = specTypeElement.getAttribute("name").getValue(); 

    spectypemap.put(name, specTypeElement); 

   } 

 

  }catch(Exception ex){ 

   ex.printStackTrace(); 

   //don't worry, only columns headers not working   

  } 

  Composite container = new Composite(parent, SWT.NULL); 

  GridLayout layout = new GridLayout(); 

  container.setLayout(layout); 

  layout.numColumns = 2; 

  layout.verticalSpacing = 9; 

 

  Label spectrumTypeLabel = new Label(container, SWT.None); 

  spectrumTypeLabel.setText("Please select the Spectrum type:"); 

 

  spectrumTypeCombo = new Combo(container, SWT.DROP_DOWN | SWT.READ_ONLY); 

  Object[] array = spectypemap.keySet().toArray(); 

  String[] keyArray = new String[array.length]; 

  for (int i=0; i<array.length; i++) { 

   keyArray[i] = (String) array[i]; 

  }  

  spectrumTypeCombo.setItems(keyArray); 

  spectrumTypeCombo.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

   public void widgetSelected(SelectionEvent e) { 

    try { 

      Element selection = spectypemap.get(((Combo) e.getSource()).getText()); 

      Element xaxisNode = selection.getChildElements("xaxis").get(0); 

      Element yaxisNode = selection.getChildElements("yaxis").get(0); 

      table.getColumn(0).setText(xaxisNode.getAttributeValue("name")); 

      table.getColumn(1).setText(yaxisNode.getAttributeValue("name")); 

      dialogChanged(); 

    } catch (Exception ex) { 

     //don't worry, only column headers not working 

    } 

   } 

  }); 

  spectrumTypeCombo.select(0); 

  Label peakListLabel = new Label(container, SWT.NONE); 

  GridData gd = new GridData(); 

  gd.horizontalSpan = 2; 

  peakListLabel.setLayoutData(gd); 

  peakListLabel.setText("Peak List:"); 

 

  Composite comp = new Composite(container, SWT.None); 

  RowLayout innerLayout = new RowLayout(SWT.VERTICAL); 

  comp.setLayout(innerLayout); 

 

  String[] columnNames = new String[2]; 

  columnNames[0] =  spectypemap.get(spectrumTypeCombo.getText()).getChildElements("xaxis").get(0).getAttributeValue("name"); 

  columnNames[1] =  spectypemap.get(spectrumTypeCombo.getText()).getChildElements("yaxis").get(0).getAttributeValue("name"); 

   

    

   

  table = createTable(comp, columnNames); 

  tableViewer = createTableViewer(table, columnNames); 

  tableViewer.setContentProvider(new PeakContentProvider()); 

  tableViewer.setLabelProvider(new PeakLabelProvider()); 

   

  CMLPeakList peakList = new CMLPeakList(); 

  for (int i = 0; i < 5; i++) { 

   CMLPeak peak = new CMLPeak(); 

   peak.setXValue(0); 

   peak.setYValue(0); 

   peakList.addPeak(peak); 

  } 

  tableViewer.setInput(peakList); 

 

  Composite buttonComp = new Composite(comp, SWT.NONE); 

   

  RowLayout buttonLayout = new RowLayout(SWT.HORIZONTAL); 

  buttonComp.setLayout(buttonLayout); 

  createButtons(buttonComp, tableViewer); 

 

  setControl(container); 

  dialogChanged(); 

 } 

 

 private void createButtons(final Composite parent, 

   final TableViewer tableViewer) { 

 

  // Create and configure the "Add" button 

  Button add = new Button(parent, SWT.PUSH | SWT.CENTER); 

  add.setText("Add Peak"); 

 

  add.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

   // Add a peakvalue to the PeakTable and refresh the view 

   public void widgetSelected(SelectionEvent e) { 

    CMLPeak peak = new CMLPeak(); 

    peak.setXValue(0); 

    peak.setYValue(0); 

    ((CMLPeakList) tableViewer.getInput()).addPeak(peak); 

    int elements = tableViewer.getTable().getItemCount(); 

    tableViewer.getTable().select(elements - 1); 

    tableViewer.setInput(tableViewer.getInput()); 

    tableViewer.editElement(peak, 0); 

   } 

  }); 

  // Create and configure the "Delete" button 

  Button delete = new Button(parent, SWT.PUSH | SWT.CENTER); 

  delete.setText("Delete Peak"); 

 

  delete.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

 

   // Remove the selection and refresh the view 

   public void widgetSelected(SelectionEvent e) { 

    CMLPeak task = (CMLPeak) ((IStructuredSelection) tableViewer 

      .getSelection()).getFirstElement(); 

    if (task != null) { 

     tableViewer.remove(task); 

     ((CMLPeakList) tableViewer.getInput()).removeChild(task); 

    } 

   } 

  }); 

    // Create and configure the "Inser CSV" button 

    Button insertcsv = new Button(parent, SWT.PUSH | SWT.CENTER); 

    insertcsv.setText("Insert CSV list"); 

 

    insertcsv.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

 

      // Remove empty entries, add csv values and refresh the view 

      public void widgetSelected(SelectionEvent e) { 

        CMLPeakList peakList = getPeakList(); 

        CMLElements<CMLPeak> peaks = peakList.getPeakElements(); 

        Iterator<CMLPeak> it = peaks.iterator(); 

        while (it.hasNext()) { 

          CMLPeak peak = it.next(); 

          if (peak.getXValue() == 0 && peak.getYValue() == 0) { 

            peakList.removeChild(peak); 

          } 

        }   

        InputDialog dialog = new InputDialog(NewSpectrumDetailWizardPage.this.getShell()); 

        String text = dialog.open(NewSpectrumDetailWizardPage.this); 

        //String text = new MyJOptionPane().showInputDialog( "Enter your CSV test here" ); 

        CSVReader reader = new CSVReader(new StringReader(text),separator.charAt( 0 )); 

        String [] nextLine; 

        try { 

            while ((nextLine = reader.readNext()) != null) { 

                boolean first=true; 

                CMLPeak peak = new CMLPeak(); 

                for(int i=0;i<nextLine.length;i++){ 

                    if(!nextLine[i].equals( "" )){ 

                        if(first){ 

                            peak.setXValue(Float.parseFloat( nextLine[i])); 

                            first=false; 

                        }else{ 

                            peak.setYValue(Float.parseFloat(nextLine[i])); 

                        } 

                    } 

                } 

                ((CMLPeakList) tableViewer.getInput()).addPeak(peak); 

            } 

            tableViewer.refresh(); 

            dialogChanged(); 

        } catch ( Exception e1 ) { 

            MessageBox mb = new MessageBox(NewSpectrumDetailWizardPage.this.getShell(),SWT.ICON_ERROR | SWT.OK ); 

            mb.setMessage( "There was some problem reading your input. Most likely, it was corrupt!"); 

            mb.setText( "Problems reading input" ); 

            mb.open(); 

            e1.printStackTrace(); 

        } 

      } 

    }); 

 

 } 

 

 private TableViewer createTableViewer(final Table table, 

   String[] columnNames) { 

  final TableViewer tableViewer = new TableViewer(table); 

  tableViewer.setUseHashlookup(true); 

  tableViewer.setColumnProperties(columnNames); 

 

  CellEditor[] editors = new CellEditor[columnNames.length + 4]; 

 

  // Column 2 : X_AXIS (Free text) 

  TextCellEditor xEditor = new TextCellEditor(table); 

  ((Text) xEditor.getControl()).setTextLimit(60); 

  ((Text) xEditor.getControl()).addListener(SWT.Traverse, new Listener() { 

   int highestColumn = 1; 

 

   public void handleEvent(Event event) { 

    if (event.detail == SWT.TRAVERSE_TAB_PREVIOUS 

      || event.detail == SWT.TRAVERSE_ARROW_PREVIOUS) { 

     if (table.getSelectionIndex() > 0) 

      tableViewer.editElement(tableViewer.getElementAt(table 

        .getSelectionIndex() - 1), highestColumn); 

    } 

    if (event.detail == SWT.TRAVERSE_TAB_NEXT 

      || event.detail == SWT.TRAVERSE_ARROW_NEXT) { 

     tableViewer.editElement(tableViewer.getElementAt(table 

       .getSelectionIndex()), 1); 

    } 

    dialogChanged(); 

   } 

  }); 

    ((Text) xEditor.getControl()).addListener(SWT.KeyDown, new Listener() { 

        public void handleEvent(Event event) { 

          peakdone=true; 

          dialogChanged(); 

        } 

      }); 

  editors[0] = xEditor; 

 

  // Column 3 : Y_AXIS ; 

  TextCellEditor yEditor = new TextCellEditor(table); 

  ((Text) yEditor.getControl()).setTextLimit(60); 

  ((Text) yEditor.getControl()).addListener(SWT.Traverse, new Listener() { 

   int highestColumn = 1; 

 

   public void handleEvent(Event event) { 

    if (event.detail == SWT.TRAVERSE_TAB_PREVIOUS 

      || event.detail == SWT.TRAVERSE_ARROW_PREVIOUS) { 

     tableViewer.editElement(tableViewer.getElementAt(table 

       .getSelectionIndex()), 0); 

    } 

    if (event.detail == SWT.TRAVERSE_TAB_NEXT 

      || event.detail == SWT.TRAVERSE_ARROW_NEXT) { 

     if (highestColumn == 1 

       && table.getSelectionIndex() < ((CMLPeakList) tableViewer 

         .getInput()).getChildCount() - 1) 

      tableViewer.editElement(tableViewer.getElementAt(table 

        .getSelectionIndex() + 1), 0); 

     if (highestColumn > 1) 

      tableViewer.editElement(tableViewer.getElementAt(table 

        .getSelectionIndex()), 2); 

    } 

   } 

  }); 

  editors[1] = yEditor; 

 

  for (int i = 0; i < 1; i++) { 

   TextCellEditor cellEditor = new TextCellEditor(table); 

   ((Text) cellEditor.getControl()).setTextLimit(60); 

   ((Text) cellEditor.getControl()).addListener(SWT.Traverse, 

     new PeakTableTabListener(2 + i, tableViewer)); 

   editors[2 + i] = cellEditor; 

 

  } 

  tableViewer.setCellEditors(editors); 

  tableViewer.setCellModifier(new PeakCellModifier(columnNames, 

    tableViewer)); 

  return tableViewer; 

 } 

 

 private Table createTable(Composite container, String[] columnNames) { 

  int style = SWT.SINGLE | SWT.BORDER | SWT.H_SCROLL | SWT.V_SCROLL 

    | SWT.FULL_SELECTION | SWT.HIDE_SELECTION | SWT.LEFT; 

 

  Table table = new Table(container, style); 

  RowData rowData = new RowData(); 

  rowData.height = 100; 

  table.setLayoutData(rowData); 

 

  table.setLinesVisible(true); 

  table.setHeaderVisible(true); 

 

  TableColumn[] column = new TableColumn[columnNames.length]; 

 

  for (int i = 0; i < columnNames.length; i++) { 

   column[i] = new TableColumn(table, SWT.CENTER, i); 

   column[i].setText(columnNames[i]); 

   column[i].setWidth(100); 

  } 

  return table; 

 } 

 

 public String getSpectrumType() { 

  return this.spectypemap.get(spectrumTypeCombo 

    .getText()).getAttributeValue("name"); 

 } 

 

 public CMLPeakList getPeakList() { 

     return (CMLPeakList) tableViewer.getInput(); 

 } 

  

  private void updateStatus(String message) { 

      setErrorMessage(message); 

      setPageComplete(message == null); 

  } 

  /**

   * Ensures that spectrum type and peaks are given. 

   */ 

 

  private void dialogChanged() { 

    CMLPeakList peaks = getPeakList(); 

    String spectype = getSpectrumType(); 

 

    if (spectype==null || spectype.length() == 0 || spectype.equals( "unknown" )) { 

      updateStatus("Spectrum type must be specified"); 

      return; 

    } 

 

    if(peakdone){ 

        updateStatus( null ); 

        return; 

    } 

    if (peaks == null) { 

      updateStatus("At least one peak must be given"); 

      return; 

    }else{ 

        int realpeakcount=0; 

        Iterator<CMLPeak> it = peaks.getPeakElements().iterator(); 

        while (it.hasNext()) { 

          CMLPeak peak = it.next(); 

          if (peak.getXValue() != 0) { 

            realpeakcount++; 

          } 

        } 

        if(realpeakcount==0){ 

            updateStatus("At least one peak must be given"); 

            return; 

        } 

    } 

    updateStatus(null); 

  } 

 

  /**

   * This class demonstrates how to create your own dialog classes. It allows users 

   * to input a String 

   */ 

  public class InputDialog extends Dialog { 

    private String message; 

    private String input; 

    private Text septext=null; 

    private NewSpectrumDetailWizardPage wizardpage; 

 

    /**

     * InputDialog constructor 

     *  

     * @param parent the parent 

     */ 

    public InputDialog(Shell parent) { 

      // Let users override the default styles 

      super(parent, SWT.DIALOG_TRIM | SWT.APPLICATION_MODAL); 

      setText("Input CSV"); 

      setMessage("Please enter CSV text:"); 

    } 

 

    /**

     * Gets the message 

     *  

     * @return String 

     */ 

    public String getMessage() { 

      return message; 

    } 

 

    /**

     * Sets the message 

     *  

     * @param message the new message 

     */ 

    public void setMessage(String message) { 

      this.message = message; 

    } 

 

    /**

     * Gets the input 

     *  

     * @return String 

     */ 

    public String getInput() { 

      return input; 

    } 

 

    /**

     * Sets the input 

     *  

     * @param input the new input 

     */ 

    public void setInput(String input) { 

      this.input = input; 

    } 

 

    /**

     * Opens the dialog and returns the input 

     *  

     * @return String 

     */ 

    public String open(NewSpectrumDetailWizardPage wizardpage) { 

      // Create the dialog window 

      this.wizardpage = wizardpage; 

      Shell shell = new Shell(getParent(), getStyle()); 

      shell.setText(getText()); 

      createContents(shell); 

      shell.pack(); 

      shell.open(); 

      Display display = getParent().getDisplay(); 

      while (!shell.isDisposed()) { 

        if (!display.readAndDispatch()) { 

          display.sleep(); 

        } 

      } 

      // Return the entered value, or null 

      return input; 

    } 

 

    /**

     * Creates the dialog's contents 

     *  

     * @param shell the dialog window 

     */ 

    private void createContents(final Shell shell) { 

      shell.setLayout(new GridLayout(2, true)); 

 

      // Show the message 

      Label label = new Label(shell, SWT.NONE); 

      label.setText(message); 

      GridData data = new GridData(); 

      data.horizontalSpan = 2; 

      label.setLayoutData(data); 

 

      // Display the input box 

      final Text text = new Text(shell, SWT.BORDER | SWT.MULTI | SWT.V_SCROLL); 

      text.setSize( 100,200 ); 

      data = new GridData(GridData.FILL_HORIZONTAL); 

      data.horizontalSpan = 2; 

      data.minimumHeight=200; 

      data.heightHint=200; 

      text.setLayoutData(data); 

       

      final Label seplabel = new Label(shell, SWT.NONE); 

      seplabel.setText( "Enter your separator:" ); 

      data = new GridData(); 

      data.horizontalSpan = 2; 

      seplabel.setLayoutData(data); 

 

      // Display the input box 

      septext = new Text(shell, SWT.BORDER | SWT.MULTI); 

      septext.setText( "," ); 

      data = new GridData(GridData.FILL_HORIZONTAL); 

      data.horizontalSpan = 2; 

      septext.setLayoutData(data); 

 

      // Create the cancel button and add a handler 

      // so that pressing it will set input to null 

      Button cancel = new Button(shell, SWT.PUSH); 

      cancel.setText("Cancel"); 

      data = new GridData(GridData.FILL_HORIZONTAL); 

      cancel.setLayoutData(data); 

      cancel.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

        public void widgetSelected(SelectionEvent event) { 

          input = null; 

          shell.close(); 

        } 

      }); 

 

      // Create the OK button and add a handler 

      // so that pressing it will set input 

      // to the entered value 

      Button ok = new Button(shell, SWT.PUSH); 

      ok.setText("OK"); 

      data = new GridData(GridData.FILL_HORIZONTAL); 

      ok.setLayoutData(data); 

      ok.addSelectionListener(new SelectionAdapter() { 

        public void widgetSelected(SelectionEvent event) { 

          input = text.getText(); 

          wizardpage.separator=septext.getText(); 

          shell.close(); 

        } 

      }); 

 

      // Set the OK button as the default, so 

      // user can type input and press Enter 

      // to dismiss 

      shell.setDefaultButton(ok); 

    } 

  }