Java Source Code: ncsa.hdf.object.fits.FitsFile

/***************************************************************************** * Copyright by The HDF Group.                                               * 
 * Copyright by the Board of Trustees of the University of Illinois.         * 
 * All rights reserved.                                                      * 
 *                                                                           * 
 * This file is part of the HDF Java Products distribution.                  * 
 * The full copyright notice, including terms governing use, modification,   * 
 * and redistribution, is contained in the files COPYING and Copyright.html. * 
 * COPYING can be found at the root of the source code distribution tree.    * 
 * Or, see http://hdfgroup.org/products/hdf-java/doc/Copyright.html.         * 
 * If you do not have access to either file, you may request a copy from     * 
 * help@hdfgroup.org.                                                        * 
 ****************************************************************************/ 
package ncsa.hdf.object.fits; 
 
import java.io.DataInput; 
import java.io.IOException; 
import java.io.InputStream; 
import java.io.RandomAccessFile; 
 
import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode; 
import javax.swing.tree.MutableTreeNode; 
import javax.swing.tree.TreeNode; 
 
import ncsa.hdf.object.Dataset; 
import ncsa.hdf.object.Datatype; 
import ncsa.hdf.object.FileFormat; 
import ncsa.hdf.object.Group; 
import ncsa.hdf.object.HObject; 
import nom.tam.fits.AsciiTableHDU; 
import nom.tam.fits.BasicHDU; 
import nom.tam.fits.BinaryTableHDU; 
import nom.tam.fits.Fits; 
import nom.tam.fits.ImageHDU; 
import nom.tam.fits.RandomGroupsHDU; 
import nom.tam.fits.TableHDU; 
 
/** * This class provides file level APIs. File access APIs include retrieving the 
 * file hierarchy, opening and closing file, and writing file content to disk. 
 * <p> 
 * @version 2.4 9/4/2007 
 * @author Peter X. Cao 
 */ 
public class FitsFile extends FileFormat 
{ 
    private static final long serialVersionUID = -1965689032980605791L; 
 
    /**     * The root node of the file hierearchy. 
     */ 
    private MutableTreeNode rootNode; 
 
    /** the fits file */ 
    private Fits fitsFile; 
 
    private static boolean isFileOpen; 
 
    /**     * Constructs an empty FitsFile with read-only access. 
     */ 
    public FitsFile() { 
        this(""); 
    } 
 
    /**     * Constructs an FitsFile object of given file name with read-only access. 
     */ 
    public FitsFile(String pathname) { 
        super(pathname); 
 
        isReadOnly = true; 
        isFileOpen = false; 
        this.fid = -1; 
        try { fitsFile = new Fits(fullFileName); } 
        catch (Exception ex) {} 
    } 
 
 
    /**     * Checks if the given file format is a Fits file. 
     * <p> 
     * @param fileformat the fileformat to be checked. 
     * @return true if the given file is an Fits file; otherwise returns false. 
     */ 
    @Override 
    public boolean isThisType(FileFormat fileformat) { 
        return (fileformat instanceof FitsFile); 
    } 
 
    /**     * Checks if a given file is a Fits file. 
     * <p> 
     * @param filename the file to be checked. 
     * @return true if the given file is an Fits file; otherwise returns false. 
     */ 
    @Override 
    public boolean isThisType(String filename) 
    { 
        boolean is_fits = false; 
        RandomAccessFile raf = null; 
        try { raf = new RandomAccessFile(filename, "r"); } 
        catch (Exception ex) { raf = null; } 
 
        if (raf == null) { 
            try { raf.close();} catch (Exception ex) {} 
            return false; 
        } 
 
        byte[] header = new byte[80]; 
        try { raf.read(header); } 
        catch (Exception ex) { header = null; } 
 
        if (header != null) 
        { 
            String front = new String(header, 0, 9); 
            if (!front.startsWith("SIMPLE  =")) { 
                try { raf.close();} catch (Exception ex) {} 
                return false; 
            } 
 
            String back = new String(header, 9, 70); 
            back = back.trim(); 
            if ((back.length() < 1) || (back.charAt(0) != 'T')) { 
                try { raf.close();} catch (Exception ex) {} 
                return false; 
            } 
 
            is_fits = true;; 
        } 
 
        try { raf.close();} catch (Exception ex) {} 
 
        return is_fits; 
    } 
 
 
    /**     * Creates a FitsFile instance with specified file name and READ access. 
     * <p> 
     * @param pathname the full path name of the file. 
     * Regardless of specified access, the FitsFile implementation uses 
     * READ. 
     * 
     * @see ncsa.hdf.object.FileFormat@createInstance(java.lang.String, int) 
     */ 
    @Override 
    public FileFormat createInstance(String filename, int access)  
                              throws Exception { 
        return new FitsFile(filename); 
    } 
 
 
    // Implementing FileFormat 
    @Override 
    public int open() throws Exception { 
        if (!isFileOpen) { 
            isFileOpen = true; 
            rootNode = loadTree(); 
        } 
 
        return 0; 
    } 
 
    private MutableTreeNode loadTree() { 
 
        long[] oid = {0}; 
        FitsGroup rootGroup = new FitsGroup( 
            this, 
            "/", 
            null, // root node does not have a parent path 
            null, // root node does not have a parent node 
            oid); 
 
        DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode(rootGroup) { 
            private static final long serialVersionUID = 5556789624491863365L; 
 
            @Override 
            public boolean isLeaf() { return false; } 
        }; 
 
        if (fitsFile == null) { 
            return root; 
        } 
 
        BasicHDU[] hdus = null; 
 
        try { hdus = fitsFile.read(); } 
        catch (Exception ex) {} 
 
        if (hdus == null) { 
            return root; 
        } 
 
        int n = hdus.length; 
        int nImageHDU = 0; 
        int nTableHDU =  0; 
        String hduName = null; 
        BasicHDU hdu = null; 
        for (int i=0; i<n; i++) { 
            hdu = hdus[i]; 
            hduName = null; 
            // only deal with ImageHDU and TableHDU 
            if (hdu instanceof ImageHDU) { 
                hduName = "ImageHDU #"+nImageHDU++; 
            } else if (hdu instanceof RandomGroupsHDU) { 
                hduName = "RandomGroupsHDU #"+nImageHDU++; 
            } else if (hdu instanceof TableHDU) { 
                if (hdu instanceof AsciiTableHDU) { 
                    hduName = "AsciiTableHDU #"+nTableHDU++; 
                } else if (hdu instanceof BinaryTableHDU) { 
                    hduName = "BinaryTableHDU #"+nTableHDU++; 
                } else { 
                    hduName = "TableHDU #"+nTableHDU++; 
                } 
            } 
 
            if (hduName != null) { 
                oid[0] = hdu.hashCode(); 
                FitsDataset d =  new FitsDataset(this, hdu, hduName, oid); 
                DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode(d); 
                root.add( node ); 
                rootGroup.addToMemberList(d); 
            } 
        } 
 
        return root; 
    } 
 
    // Implementing FileFormat 
    @Override 
    public void close() throws IOException { 
        if (fitsFile == null) { 
            return; 
        } 
 
        DataInput di = fitsFile.getStream(); 
        if (di instanceof InputStream) { 
            ((InputStream)di).close(); 
        } 
    } 
 
    // Implementing FileFormat 
    @Override 
    public TreeNode getRootNode() { 
        return rootNode; 
    } 
 
    public Fits getFitsFile() { 
        return fitsFile; 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public Group createGroup(String name, Group pgroup) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation for Fits."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public Datatype createDatatype( 
        int tclass, 
        int tsize, 
        int torder, 
        int tsign) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation for Fits."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public Datatype createDatatype( 
        int tclass, 
        int tsize, 
        int torder, 
        int tsign, 
        String name) throws Exception 
    { 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation for Fits."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public Dataset createScalarDS( 
        String name, 
        Group pgroup, 
        Datatype type, 
        long[] dims, 
        long[] maxdims, 
        long[] chunks, 
        int gzip, 
        Object fillValue, 
        Object data) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public Dataset createImage( 
        String name, 
        Group pgroup, 
        Datatype type, 
        long[] dims, 
        long[] maxdims, 
        long[] chunks, 
        int gzip, 
        int ncomp, 
        int intelace, 
        Object data) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public void delete(HObject obj) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    // implementign FileFormat 
    @Override 
    public TreeNode copy(HObject srcObj, Group dstGroup, String dstName) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    /** copy a dataset into another group.     * @param srcDataset the dataset to be copied. 
     * @param pgroup teh group where the dataset is copied to. 
     * @return the treeNode containing the new copy of the dataset. 
     */ 
 
    private TreeNode copyDataset(Dataset srcDataset, FitsGroup pgroup) 
         throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    private TreeNode copyGroup(FitsGroup srcGroup, FitsGroup pgroup) 
         throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    /**     * Copy attributes of the source object to the destination object. 
     */ 
    public void copyAttributes(HObject src, HObject dst) { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    /**     * Copy attributes of the source object to the destination object. 
     */ 
    public void copyAttributes(int src_id, int dst_id) { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    /**     * Creates a new attribute and attached to the object if attribute does 
     * not exist. Otherwise, just update the value of the attribute. 
     * 
     * <p> 
     * @param obj the object which the attribute is to be attached to. 
     * @param attr the atribute to attach. 
     * @param attrExisted The indicator if the given attribute exists. 
     * @return true if successful and false otherwise. 
     */ 
    @Override 
    public void writeAttribute(HObject obj, ncsa.hdf.object.Attribute attr, 
        boolean attrExisted) throws Exception { 
        // not supported 
        throw new UnsupportedOperationException("Unsupported operation."); 
    } 
 
    /**     *  Returns the version of the library. 
     */ 
    @Override 
    public String getLibversion() 
    { 
        String ver = "Fits Java (version 2.4)"; 
 
        return ver; 
    } 
 
    // implementing FileFormat 
    @Override 
    public HObject get(String path) throws Exception 
    { 
        throw new UnsupportedOperationException("get() is not supported"); 
    } 
}